如果你只有三天時間去日本自由行，如果不想趕行程，基本一地一城游比較好，可以玩得相對輕鬆和深度一些。如果有條件的話，最好還是把行程調整為6天左右。首先你要做的第一件事：確定目的地，規划行程。去哪裡很重要？它決定了你的旅遊屬性，比如是去東京、大阪購物？還是去京都體驗傳統日本文化？或者去北海道滑雪、賞花？亦或是去沖繩看海？
日本各地有不同的旅遊玩法，要根據自己的喜好來確定。當確定了目的地之後，還要考慮出行時間、簽證辦理，以及預訂機票。這個過程本身也是自助游的一大樂趣。
需要說明一點，如果是通過旅行社辦理的團隊游，3天日本旅遊的產品非常少，反正我聽說的不多，通常6天、7天的產品選擇餘地更多一些。
當目的地和行程事務搞定之後，接下來就是出行前的最後準備工作，包括相關用品的物資準備和目的地的歷史民俗文化等常識的認知了解。假設你要去沖繩玩海，就要提前考慮是否下海，泳衣、防水相機、放水手機套等物品的準備；住宿條件的選擇，需要進行酒店、旅館、民宿、青旅、膠囊旅館等相關預訂（大多數需要支付一定的訂金）。如果是打算去東京，也要提前預訂好酒店，如果需要參與當地旅遊活動，可以登錄相關網站或通過旅行社預訂當地景點的一日游或兩日游產品。還有就是要了解一下日本各地府縣的民俗民風和旅遊禁忌，這也是尊重目的地老百姓的一種基本禮儀，包括了解目的地的特色美食和演出節目。如有必要，可以從網上找一找相關的歷史資料和民俗民風介紹了解一下。
另外，日本東京、大阪等大城市的交通系統較為負責，大多數國人在日本自由行都離不開各種交通方式的組合使用，如地鐵、私鐵、電車、JR、新幹線等，面對如此複雜的公共運輸系統，需要在行程制定過程中合理搭配。如果你是個熱心人，還可以問一下周圍有沒有朋友需要往回帶馬桶蓋、相機、箱包、化妝品等代購物品。以上是出行前的物資和功課準備。
日本旅遊究竟帶多少錢合適呢？這要看你是純粹自由行還是跟團游。如果是跟團游，通常需要提前繳納團費，在當地只要準備基本的自費購物項目即可，6000~8000人民幣/人/6天的行程（有淡旺季差異），自費消費項目需要另計，具體看旅行社情況；如果是自由行方式，就要帶夠相應的現金和攜帶有國際消費權限的信用卡，按照3-6天行程計算，加上普通購物，人均大約需要一萬出頭。